圣约翰大学是当时上海乃至中国最优秀的大学之一，也是在华办学时间最长的一所教会学校。美国多所名牌大学皆承认约大学生的学历，并给予直升其研究生院的优待。卜舫济主持圣约翰校政长达53年之久，对学校的发展起到很大影响。该校师生具有反清、反殖民主义的光荣传统，上海历次的学生爱国运动，都有约大学生积极参加。73年的办学历程中，圣约翰大学享有“东方哈佛”、“外交人才的养成所”等盛名，更是培育出了一大批声名显赫的校友。建校初期1884年，美国纽约克拉克逊女士资助兴建教堂，后经重建成为该校礼堂兼圣公会教堂。1894年，该校建造了以创办人名字命名的中国式教学楼“怀施堂”。
中国高教史上的创举1892年起，正式开设大学课程，并将英语作为最重要的学科教授，是中国第一所现代大学和中国首座全英语授课的学校。
1896年，圣约翰形成文科、理科、医科、神学科及预科的教学格局，为沪上高等学府，对东南地区高等教育的改革产生深远影响。
1898年，圣约翰曾获得两江总督刘坤一所赠的200支枪，此后每周组织学生进行操练，是中国最早对学生实行军训的大学。1900年成立了同学会，是国内最早成立校友会的大学。1901年成立了中国历史上第一支正式的足球队。
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